Secugen - Reacción Secuencia Fallida
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Secugen - Soluciones Técnicas - Reacción Secuenciación Fallida

Aspecto de la secuencia.

  • En el electroforegrama no se identifican picos definidos.
  • Se asignan Ns en lugar de las bases.
  • El archivo de secuencia de lectura produce una secuencia no reconocible.
  • El dato crudo tiene una intensidad de señal de cien unidades como máximo.

Ejemplo.

No Reacción


reaccion secuenciacion fallida


Causas posibles.
Las causas de este tipo de resultados pueden ser varias, los más comunes son las siguientes:

  • La concentración del molde es demasiado baja.
    *Nota Importante: Las medidas de concentración de ADN mediante espectrofotometría UV son a menudo inexactas y la concentración suele ser sobrestimada. Los geles de agarosa o la espectrofluorometría son mejores métodos de estimación de la calidad y la cantidad. En este caso el dato crudo es bajo, alrededor de 100, debido a una reacción de secuenciación ineficiente.
  • No se ha añadido el cebador correcto a la reacción, por lo que no se une al molde y la reacción no tiene lugar.
  • La purificación del molde no es adecuada. En ocasiones se arrastra etanol u otras moléculas que inhiben a la ADN polimerasa, provocando que no haya reacción de secuenciación.

Tratamiento.

  • Comprobación que la concentración del molde mediante gel de agarosa o espectrofluorometría para confirmar que está dentro del rango solicitado.
  • Comprobación que la secuencia del cebador hibrida en el molde.
  • Mejorar la calidad de la preparación del molde y de los cebadores, haciendo diluciones nuevas cada vez, en caso de detectar problemas.