SECUGEN cuenta con dos centros de operaciones. Uno de ellos en los laboratorios del Servicio de Secuenciación Automática de DNA (SSAD) del Centro de Investigaciones Biológicas (CIB), en el campus del CSIC de la Ciudad Universitaria de Madrid, donde se sitúa el área de secuenciación de ADN. El segundo en las instalaciones del Parque Científico de Madrid, en Tres Cantos, donde se ubica la división de Diagnóstico Molecular.
Actualmente SECUGEN dispone de equipos de laboratorio de última generación entre los que se encuentran 3 secuenciadores capilares de última generación, un robot para extracción de ADN y numerosos termocicladores. Este equipamiento, junto con las infraestructuras e instalaciones informáticas de las que dispone, le confiere la capacidad de procesar cientos de muestras diarias.
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