La contaminación cruzada y el error en la identificación de líneas celulares se estima que es del orden de 15-20%. Este es un problema serio para la interpretación correcta de los datos derivados del trabajo con estas células, ya que en realidad no se trabaja con las líneas supuestas.
Secugen ofrece ahora la posibilidad de comprobar la identidad de las líneas celulares, humanas y murinas, con las que trabaja. Trabajar con materiales bien identificados evita pérdida de tiempo y dinero, resultados no reproducibles y pérdida de credibilidad.

¿Cómo se hace la identificación?

Las directrices y recomendaciones de los expertos dicen que la mejor manera de identificar las líneas celulares es haciendo un perfil de alelos de STRs (Short Tandem Repeats) y compararlo con bases de datos bien establecidas. (Nature Reviews Cancer 10 (junio de 2010) | doi: 10.1038/nrc2852). Los STRs analizados en Secugen son: amelogenina, CSF1PO, D13S317, D16S539, D5S818, D7S820, THO1, TPOX, v WA, D8S1179, D21S11, D3S1358, D2S1338, D19S433, D18S51 y FGA.
En el caso de las líneas celulares murinas, los marcadores son: 1-1, 1-2, 2-1, 3-2, 4-2, 5-5, 6-4, 6-7, 7-1, 8-1, 11-2, 12-1, 13-1, 15-3, 17-2, 18-3, 19-2 y X-1.

¿Cuándo debe hacerse?

Se recomienda hacer identificación de líneas celulares:

• Si el fenotipo de la línea celular no corresponde con el descrito.
• Antes de iniciar una nueva serie de experimentos o de la publicación de resultados.
• Antes de la congelación para almacenar.
• Cuando se genera una nueva línea.
• Trimestralmente si la línea celular se cultiva activamente.

Método de Análisis

Sobre la muestra de células enviada a Secugen se realiza una PCR multiplex para amplificar las regiones de los STRs. Los amplicones generados se corren con un ABI 3730xl Genetic Analyzer (ABI, St. Louis, MO) y la identificación del tamaño de los fragmentos de cada locus se realiza con el software GeneMapper v.4 (ABI).
El perfil de STRs obtenido para cada línea celular se compara contra bases de datos bien establecidas para encontrar concordancias con líneas celulares previamente caracterizadas.